Creo que me expresé mal.
La librería tcpdf viene incluída con Joomla, en el paquete de instalación. Debes abrir el paquete y volver a subir esa carpeta.
En cuanto a los permisos, si son esos, es decir para carpetas 755 y para archivos 644. A esto lo puedes hacer utilizando el cliente FTP Filezilla (sino lo tienes descárgalo es muy bueno y GNU).