Donde tienes lo siguiente en .htaccess
#RewriteBase /
Ponlo asi
RewriteBase /index.php
Accede a la administración, asegurate antes desde tu cliente FTP que los permisos del archivo configuration.php estan para poder escribir en el.
Ve a Sitio / Configuración Global y en el cuadro Configuración SEO, ponlo de la siguiente manera
