En principio no te debe preocupar. ¿Porque? Te he dado la pista en mi primer post.
Se emplea la tecnica Template overrides, instaurada desde joomla 1.5, que consiste en:
…realizar ajustes en el entorno joomla y o extensiones de terceros, sin tocar el core de joomla y o de las extensiones joomla creadas por terceros, aplicando los cambios o ajustes a la plantilla que estemos utilizando…