Porque no lo posicionas en el sitio correcto.
Como seleccionar, instalar y personalizar un Template en Joomla
Y un pequeño truco para saber donde tienes cada posición desde la parte publica > http://www.TUDOMINIO.com/?tp=1 . Y siendo joomla 3.x debes ir primero a Extensiones / Gestor de plantillas y veras en la parte superior derecha el boton OPCIONES. Haz clic y cambia la opción a SI para ver las posiciones desde la parte publica con esa url.
Saludos