Mmm… yo trabajo con C-Panel Linux, ahí ya me has matado con lo de las minúsculas. Los permisos en teoría son con nº ¿no? ¿Te refieres a los 775? En mi hosting compartido sólo tengo que tildar la opción de permisos de escritura y lectura.
La verdad es que estoy más confiada trabajando en remoto porque como el servidor no es dedicado sé que me voy a encontrar con muuuchas pegas, ya me pasó con Prestashop, y a medida que parecían podía irlas arreglando, porque sé si aparecen a raíz de trabajar con cierto archivo, o después de hacer cierto cambio, y así me quedo más tranquila, porque yo no soy una experta como tú.