Revisa en Extensiones / Plantillas y mira ver si hay, a parte de la plantilla por defecto, otra plantilla, seguarmente con un nombre parecido a la de por defecto que utiliza una asignación de menu (Assignment) que muestre en ese apartado de tu menu, la plantilla asignada a ese enlace de menu para la supuesta otra plantilla, que no es la que es señalada por defecto.
Es posible que sean identicas y al tener selecionado una asignación de menu desde la que no es por defecto, no se muestre el módulo.
No se si me explico con claridad, que es un poco enrevesado.
También mira y edita el enlace de menu, desde Menus y el que le corresponde si tienes mas de uno a parte del Main Menu o Menu principal, si editando el enlace de menu que corresponde en Estilo de Plantilla, tienes una diferente a la de por defecto.