Hola, pues bien retomando lo de a noche, te explico el como y el porque.
El hecho de no tomar la pagina de inicio y lo demas si, es simplemente porque la pagina de inicio convencional de Mosets tree dejo de existir. El tema esta en que Mosets tree a partir de la version 3, dejo de ser un simple directorio a poder montar VARIOS DIRECTORIOS independientes en un solo joomla, tomando la categoria princpal de cada directorio, que quieras crear, como pagina de incicio. Y como bien has dicho, si tomas una categoria principal, funciona y te muestra esa categoria y sus subcategorias
Para el indice, necesita una categoria raiz, que en este caso es llamada ROOT, como en un servidor Linux el usuario princpal, con un ID 0 (cero). Y si vas a tu base de datos, y buscas en ellla, veras que NO encuentras esa referencia. Solo es cuestion de crear esa referencia para que te tome la pagina de inicio y mostrar todas la categorias.