Me ha sucedido en dos ocasiones. Ambas por tener htaccess.txt renombrado a .htaccess. Según comentan en AkeebaBackup.com suele suceder cuando dentro del htaccess se encuentran lineas que comienzan por AddHandler, que solo es cuestión de comentar con el simbolo armohadilla delante #, o simplemente borrando esa linea.
Yo no tenia ninguna linea empezando con AddHandler. Renombre a htaccess.txt, mas adelante limpie cache de mi navegador, volvi a renombrar para el uso de las url´s amigables a mi gusto y funciono.
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Tambien se comenta que suele suceder con j!1.6 y 1.7