Hola, es lo mismo que te pasaba con la conexión FTP.
Cuando subes algo desde un cliente FTP (por ejemplo filezilla) con un usuario de una cuenta creada desde ROOT, como propietario de esa cuenta, puedes editar, cambiar, modificar…. esos archivos.
Ahora si has utilizado un metodo NO tradicional, como el uso de una extension joomla, para subir el archivo de copia del tiron y una vez subido el archivo, descomprimir el archivo desde tu servidor, se pueden presentar ese tipo de problemas, dependiendo como se tenga configurado el sistema operativo LINUX, que es el “responsable” de como se configuran los permisos en usuario – grupo – otros de escritura – lectura – ejecución con el commando CHMOD (Change Mode).
Si tienes acceso como usuario ROOT, es decir como propietario principal de tu servidor, lo puedes arreglar directamente desde una ventana SHELL, si no, puedes hacer dos cosas, contactar con los de tu hosting y que te pongan bien esos permisos en esa sub carpeta, o directamente eliminar esa carpeta y archivos y subir carpetas y archivos de un modo tradicional, desde tu cliente FTP, ya descomprimidos.
Aunque, ahora que lo recuerdo, utilizaste una cuenta FTP diferente, ya que no pudiste crear esa cuenta FTP para esa subcarpeta, por lo que directamente, deberias ponerte en contacto con los de tu hosting y comentarselo.
Tambien es posible que hayas realizado las operaciones desde tu panel de control de tu hosting. O hay un problema con esa cuenta en tu servidor compartido, si es que es compartido.
De todos modos, habla con ellos que te lo deberian resolver sin problemas.