Hola, joomla no guarda la raiz del dominio por defecto, por lo que da lo mismo si esta en una carpeta o en la raiz del dominio. Lo que te ha pasado no es logico, a no ser que en la configuración pusieras en nombre del dominio raiz. Ahí si que podria ser que te sucediera lo que comentas. Ademas joomla tiene la opción de usar la raiz del dominio en cada URL, y si lo tenias activado, entonces si que es posible lo que te ha pasado.
Gracias por compartir la solución.
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Moderador Foro.