El framework JA T3 incluye una aplicación llamada ThemeMagic para la personalización, sin tener que tocar nada de código. Lo que sucede con esta aplicación es que trabaja de forma general sobre los módulos, y para personalizar algo mas, tienes que crear clases con module class_suffix (Sufijo de clase para módulos), y eso si se hace desde el código.
Lo que es posible que te esta pasando es que JA T 3, no compila de forma directa desde archivos de estilo LESS a CSS (Ya he hablado en alguna ocasión sobre el lenguaje avanzado LESS). Para que los cambios que hagas, sean visibles, tienes que hacer clic sobre el boton LESS to CSS. Haces clic en ese boton y esperas que termine la compilación.